Affiancano la navata centrale due navate laterali di altezza dimezzata rispetto alla principale. Ciascuna presenta cinque volte a crociera prese a modello da quelle che mastro Mauro Capozza di Lequile nel 1706 si impegnava a costruire nella collegiata di Copertino ed abbellite da decorazioni a stucco dorate, attribuite a Cesare Penna il giovane.
Tre semicolonne per lato, le une addossate ai pilastri della navata principale e le altre ai pilastri delle cappelle, reggono archi a tutto sesto così che ogni volta risulta inquadrata da quattro di essi.
Piccole aperture, nel 2000 dotate di vetrate istoriate eseguite da Valeriano Tondo per volontà del parroco Mons. Francesco Mannarini, gettano flebile luce nelle navate.
La navata di sinistra accoglie il Battistero, mentre sul suo fianco esterno si aprono quattro cappelle, divise due e due dal vano d’ingresso nel 1886 dotato di tamburo in legno, in cui sono disposti gli altari dedicati rispettivamente a S. Giovanni Battista, alla Sacra Famiglia, a S. Fortunato e a S. Antonio di Padova.
Il Battistero
In pietra scolpita e dipinta, fu commissionato nel 1760 da Mons. Sozy Carafa all’architetto leccese Giovan Battista Pinto. Si compone di una parte bassa in cui si trova il fonte per l’infusione dell’acqua chiuso da un coperchio di rame, di una parte centrale dove si ammira l’autografo altorilievo in cartapesta raffigurante il Battesimo di Gesù realizzato nell’aprile 1917 dal cav. Raffaele Caretta, in sostituzione del sottostante affresco ormai deteriorato e del fastigio con lo stemma del vescovo Sozy Carafa.
Nel 1885, il vescovo Zola fece chiudere questo battistero con un’artistica cancellata in ferro battuto (rimossa nel 1993), mentre il parroco Can. Sante De Sanctis commissionò a Giovanni Andrea De Pascalis le statue in cartapesta di Ezechiele (a sinistra) e Mosè (a destra), le quali alludono a due episodi dell’Antico Testamento che prefigurano il Battesimo (si vedano i numeri romani accanto ai nomi sulla base delle statue): la visione della sorgente scaturita dal lato destro del tempio (Ez 47) che è un’anticipazione del battesimo scaturito dal costato trafitto di Cristo crocifisso e il dono dei comandamenti (Es 20) che bisogna osservare per essere veri figli di Dio.
