Localizzata al di sotto del presbiterio, si accede alla Cripta tramite due scale vicine una alla sagres
tia – navata di sinistra – l’altra all’altare dell’Addolorata – navata di destra.
Ancora visibili su pareti e pavimento, costituito da maioliche smaltate e decorate con motivi geometrici e floreali databile verso la fine del 1800, diverse tombe. Nel braccio destro vi sono i monumenti funebri del canonico Oronzo Cosma, della vergine Maria Maddalena Bernardini, del canonico Giovanni Battista Bernardini e sul pavimento i sepolcri di Mons. Michele Mincuzzi arcivescovo di Lecce dal 1981 al 1989, della famiglia Bernardini, della famiglia Martirano, della famiglia Perulli e delle famiglie Marasco e Specchia. In fondo all’abside vi sono le lastre tombali di Andreanna Flavia Lefebvre e di Nicola Brancia. Nel braccio sinistro si trova un altro sepolcro terragno anonimo.
Al 1552 risale il sarcofago con le spoglie di Giovan Battista Castromediano, ultimo vescovo nativo di Lecce.
La Cripta ha pianta a croce greca con 3 navate, 54 colonne e 38 semicolonne monolitiche con base attica, fusto rotondo e
capitelli romanici a dado, risultanti da un cubo arrotondato ai quattro angoli inferiori. I capitelli, d’ispirazione classica e medioevale, sono opera di artisti rinascimentali ed appaiono riccamente ornati da fogliame, figure di animali (grifi, draghi, aquile, arieti, serpenti, delfini), effigi di alcuni stemmi, scene allegoriche e scritturali. Tra loro sono da ammirare quelli adiacenti all’altare maggiore, particolarmente intonati ad allusioni eucaristiche: angeli che recano i simboli della passione del Signore, il calice da cui fuoriesce la mezza figura del Christus patiens, angeli che ostendono adoranti il calice e l’ostia, arieti che richiamano il sacrificio di Isacco prefigurazione di quello di Cristo (cf. Gen 22,1-19), il serpente attorcigliato ad un palo che richiama il peccato di Adamo ed Eva (cf. Gen 3) che ha reso necessario il sacrificio redentore di Cristo, ma che richiama anche il serpente di bronzo la cui vista guariva dai morsi velenosi dei serpenti (cf. Nm 21,4-9) prefigurazione della croce di Cristo che dona la vita eterna (cf. Gv 3,14). Importanti per la storia blasonica della città sono poi il capitello con “la torre coronata” dove è rappresentata la torre campanaria del primitivo Duomo, presente sull’originario stemma della città di Lecce, e il capitello con “la lupa e il leccio”, altro stemma della città di Lecce, dove la lupa attraversa il leccio da sinistra a destra e non da destra a sinistra come si trova in una pergamena del 1535 custodita nell’Archivio di Stato, che è il più antico documento al riguardo.
Le colonne, alte 3.2 m, supportano un allineamento geometrico di volte a crociera che raggiungono nella parte più alta 4.4 m, per cui nel complesso la Cripta si trova circa 3 m al di sotto del piano stradale.
Nella navata centrale, di fronte all’ingresso, si erige l’altare per la celebrazione della Messa con alle spalle un Crocefisso ligneo risalente al 1900, mentre in ciascuna delle altre due navate sono disposti simmetricamente due altari abbinati, della fine del 1600 e riccamente decorati in stile barocco.
Nel settore di sinistra, si trovano gli altari dedicati alla patrona S. Irene e alla Madonna del Soccorso.
Nel primo, inserita tra colonne tortili riccamente decorate, c’è la tela di S. Irene, d’ignoto autore e databile intorno al 1700. La santa, protettrice di Lecce fino al 1656, è incorniciata tra angeli, di cui uno ha in mano la palma simbolo del martirio; sullo sfondo distinguiamo il campanile simbolo della città ed una delle porte, probabilmente porta S. Biagio o porta Rudiae per via della sua forma.
Nel secondo trova posto un’altra tela risalente allo stesso periodo, anch’essa di autore ignoto: La Madonna del Soccorso. La Vergine, detta anche “della Provvidenza” o “della Carità”, ha in braccio il bambino, in mano la sfera del mondo e ai piedi un confratello che dona una moneta ad un povero.
Nel settore di destra, incontriamo gli altari dedicati alla Crocifissione e alla Visitazione.
Nel primo si trova l’affresco raffigurante S. Giovanni e la Madonna ai piedi della croce. L’opera, databile intorno al 1600 e d’ignoto autore, appare in pessime condizioni di conservazione.
Nel secondo è collocata una tela, databile un secolo dopo e sempre d’ignoto autore, che raffigura L’incontro della Vergine con S. Elisabetta, dove entrambe le donne appaiono incinte ed hanno alle loro spalle, rispettivamente, S. Giuseppe e S. Zaccaria.
Simmetricamente rispetto alla navata principale ci sono due absidi contenenti le statue di Maria Maddalena e della Madonna Addolorata, da attribuire al medesimo autore e provenienti dalla cappella del Crocifisso della chiesa superiore.
Ad uno sguardo d’insieme, la Cripta appare, con le parole del Paladini, “un inno di lode che la città di Lecce ha innalzato alla SS. Eucaristia colle note le più armoniose delle arti belle”.
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